Helnæs Bugt er et farvand i Det Sydfynske Øhav, som afgrænses af øen Helnæs mod vest, Agernæs mod nordvest, Horne Land mod syd og ellers Fyns kyst mod nord og øst. Mod nord ligger Brunshuse, mod sydvest Bøjden, mens Faldsled ligger mod øst. Omtrent midt i bugten ligger øen Illum. Bugten dækker et areal på ca. 50 km².